第九款　有価証券の譲渡による所得の課税の特例等（第37条の10―第38条）/租税特別措置法

第37条の10 　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成元年四月一日以後に株式等の譲渡（証券取引法第2条第17項に規定する有価証券先物取引の方法により行うものを除く。以下この項、次項、次条、第37条の11の2及び第37条の12の2において同じ。）をした場合には、当該株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（第32条第2項の規定に該当する譲渡所得を除く。第4項及び第5項において「株式等に係る譲渡所得等」という。）については、所得税法第22条及び第89条並びに第165条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この条及び次条において「株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し、株式等に係る課税譲渡所得等の金額（株式等に係る譲渡所得等の金額（第7項第5号の規定により読み替えられた同法第72条から第87条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額）をいう。）の百分の二十に相当する金額に相当する所得税を課する。この場合において、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかつたものとみなす。

２ 　前項前段の場合において、株式等の譲渡が証券取引所（証券取引法第2条第14項に規定する証券取引所をいう。第4項及び次条において同じ。）に上場されている株式（投資信託及び投資法人に関する法律第2条第21項に規定する投資口を除く。）その他これに類するものとして政令で定める株式（当該証券取引所に上場された日その他の政令で定める日（以下この項において「上場等の日」という。）においてこれらの株式をその取得をした日の翌日から引き続き所有していた期間として政令で定める期間が三年を超えるものに限る。）の譲渡（上場等の日以後一年以内に行われる譲渡で証券業者（証券取引法第2条第9項に規定する証券会社及び外国証券業者に関する法律（昭和四十六年法律第5号）第2条第2号に規定する外国証券会社をいう。以下この項及び次条から第37条の11の4までにおいて同じ。）への売委託に基づくもの又は証券業者に対するものに限る。）であるときは、当該譲渡による株式等に係る譲渡所得等の金額は、当該株式等に係る課税所得等の金額の二分の一に相当する金額とする。

３ 　前2項に規定する株式等とは、次に掲げるもの（外国法人に係るものを含むものとし、ゴルフ場その他の施設の利用に関する権利に類するものとして政令で定める株式又は出資者の持分を除く。）をいう。

４ 　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が交付を受ける次の各号に掲げる金額（所得税法第25条第1項の規定に該当する部分の金額を除く。）は、株式等に係る譲渡所得等に係る収入金額とみなして、第1項の規定を適用する。

５ 　株式等証券投資信託（第3条の2に規定する特定株式投資信託を除く。）、非公社債等投資信託又は特定目的信託（以下この項において「株式等証券投資信託等」という。）の受益証券（特定目的信託の受益証券については、第3項第6号に掲げるものに限る。以下この項において同じ。）を有する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者について当該株式等証券投資信託等の終了又は当該株式等証券投資信託等の一部の解約によりその株式等証券投資信託等の受益証券を有する者に対して支払われる金額（当該受益証券につき支払われるものに限る。）がある場合には、当該金額については、その株式等証券投資信託等について信託された金額（所得税法第2条第1項第14号に規定するオープン型の証券投資信託については、当該金額のうち同法第9条第1項第11号に掲げる収益の分配に充てられるべき部分の金額を控除した金額）のうち当該受益証券に係る部分の金額までを限り、これを株式等に係る譲渡所得等に係る収入金額とみなして、第1項の規定を適用する。

６ 　第2項から前項までに定めるもののほか、第1項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

７ 　第1項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。

第37条の11 　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十五年一月一日以後に前条第3項に規定する株式等（証券取引所に上場されているものその他これに類するものとして政令で定めるものに限る。以下この条から第37条の11の4まで及び第37条の12の2において「上場株式等」という。）の譲渡（これに類するものとして政令で定めるものを含む。以下この条から第37条の11の5まで、第37条の12の2、第37条の13の2及び第37条の13の3において同じ。）のうち次に掲げる上場株式等の譲渡をした場合には、当該上場株式等のこれらの譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（第32条第2項の規定に該当する譲渡所得を除く。）については、前条第1項前段の規定により株式等に係る譲渡所得等の金額のうち当該上場株式等のこれらの譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この項から第3項までにおいて「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し課する所得税の額は、同条第1項前段の規定にかかわらず、上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（上場株式等に係る譲渡所得等の金額（第5項の規定により読み替えられた所得税法第72条から第87条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額）をいう。）の百分の十五に相当する額とする。

２ 　前項の場合において、同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十五年一月一日から平成十九年十二月三十一日までの間に同項各号に掲げる上場株式等の譲渡をしたときは、当該上場株式等の譲渡による上場株式等に係る譲渡所得等の金額に対する同項の規定の適用については、同項中「百分の十五」とあるのは、「百分の七」とする。

３ 　前項の規定により適用される第1項の規定の適用を受ける上場株式等に係る譲渡所得等の金額については、前条第2項の規定は、適用しない。

４ 　前項に定めるもののほか、第1項及び第2項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

５ 　第1項の規定の適用がある場合における前条第7項の規定の適用については、同項第1号中「特例）」とあるのは「特例）（同法第37条の11第1項（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）の規定により適用される場合を含む。以下同じ。）」と、同項第5号中「これらの規定」とあるのは「同法第71条から第86条までの規定」と、「あるのは、」とあるのは「あるのは」と、「とする」とあるのは「と、同法第87条第2項中「総所得金額」とあるのは「総所得金額、株式等に係る譲渡所得等の金額（当該株式等に係る譲渡所得等の金額のうちに租税特別措置法第37条の11第1項（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額がある場合には、当該株式等に係る譲渡所得等の金額から当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額を控除した残額又は当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額）」とする」とする。

第37条の11の2 　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十三年九月三十日以前から引き続き所有していた上場株式等（同年十月一日において上場株式等に該当していたものに限るものとし、政令で定めるものを除く。以下この項及び次項において同じ。）を平成十五年一月一日から平成二十二年十二月三十一日までの間に譲渡をした場合における当該上場株式等の譲渡による譲渡所得（第32条第2項の規定に該当するものを除く。）の金額の計算上収入金額から控除する取得費は、所得税法第38条、第48条及び第61条の規定にかかわらず、当該上場株式等の平成十三年十月一日における価額として政令で定める金額の百分の八十に相当する金額とすることができる。

２ 　前項の規定の適用については、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十三年十月一日以後に次に掲げる事由により取得した上場株式等は、その者が引き続き所有していたものとみなす。

３ 　前項に定めるもののほか、第1項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第37条の11の3 　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、特定口座（その者が二以上の特定口座を有する場合には、それぞれの特定口座。次項において同じ。）に上場株式等保管委託契約に基づき保管の委託がされている上場株式等（以下この条から第37条の11の5までにおいて「特定口座内保管上場株式等」という。）の譲渡をした場合には、政令で定めるところにより、当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額と当該特定口座内保管上場株式等の譲渡以外の株式等（第37条の10第3項に規定する株式等をいう。次項において同じ。）の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額とを区分して、これらの金額を計算するものとする。

２ 　証券取引法第156条の24第1項に規定する信用取引又は発行日取引（有価証券が発行される前にその有価証券の売買を行う取引であつて財務省令で定める取引をいう。）（以下この条及び次条において「信用取引等」という。）を行う居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、上場株式等信用取引等契約に基づき上場株式等の信用取引等を特定口座において処理した場合には、政令で定めるところにより、当該特定口座において処理した信用取引等による上場株式等の譲渡又は当該信用取引等の決済のために行う上場株式等の譲渡（当該上場株式等の譲渡に係る株式等と同一銘柄の株式等の買付けにより取引の決済を行う場合又は当該上場株式等の譲渡に係る株式等と同一銘柄の株式等を買い付けた取引の決済のために行う場合に限る。以下この項及び次項において「信用取引等に係る上場株式等の譲渡」という。）による事業所得の金額又は雑所得の金額と当該信用取引等に係る上場株式等の譲渡以外の株式等の譲渡による事業所得の金額又は雑所得の金額とを区分して、これらの金額を計算するものとする。

３ 　この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。

４ 　特定口座開設届出書の提出をしようとする居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、政令で定めるところにより、その提出をする際、前項第1号の証券業者の営業所の長に、その者の住民票の写しその他の政令で定める書類を提示して氏名、生年月日及び住所（国内に住所を有しない者にあつては、財務省令で定める場所）を告知し、当該告知をした事項につき確認を受けなければならない。

５ 　証券業者の営業所の長は、前項の告知を受けたものと異なる氏名、生年月日及び住所が記載されている特定口座開設届出書及び当該証券業者に既に特定口座を開設している居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者から重ねて提出された特定口座開設届出書については、これを受理することができない。

６ 　前項に定めるもののほか、証券業者が特定口座につき備え付けるべき帳簿に関する事項、特定口座開設届出書を提出した個人がその提出後当該届出書に記載した事項を変更した若しくは変更する場合又は第1項若しくは第2項の規定の適用をやめようとする場合における届出に関する事項その他第1項から第4項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

７ 　証券業者は、その年において当該証券業者に開設されていた特定口座がある場合には、財務省令で定めるところにより、当該特定口座を開設した居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の氏名及び住所、その年中に当該特定口座において処理された上場株式等の譲渡の対価の額、当該上場株式等の取得費の額、当該譲渡に要した費用の額、当該譲渡に係る所得の金額又は差益の金額その他の財務省令で定める事項を記載した報告書二通を作成し、その年の翌年一月三十一日（年の中途で上場株式等保管委託契約又は上場株式等信用取引等契約の解約による特定口座の廃止その他政令で定める事由が生じた場合には、当該事由が生じた日の属する月の翌月末日）までに、一通を当該証券業者の当該特定口座を開設する営業所の所在地の所轄税務署長に提出し、他の一通を当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に交付しなければならない。

８ 　特定口座を開設する証券業者は、政令で定めるところにより前項の税務署長の承認を受けた場合には、同項の規定により同項の報告書に記載すべきものとされる事項を記録した磁気テープその他の財務省令で定める記録用の媒体（以下この項において「磁気テープ等」という。）の提出をもつて前項の税務署長に提出すべき報告書の提出に代えることができる。この場合における同項及び第10項並びに第42条の3の規定の適用については、当該磁気テープ等は、前項の税務署長に提出すべき報告書とみなす。

９ 　前項に定めるもののほか、特定口座において処理された上場株式等の譲渡に係る所得税法第224条の3及び第225条の規定の特例その他第7項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

１０ 　国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、第7項の報告書の提出に関する調査について必要があるときは、当該報告書を提出する義務がある者に質問し、又はその者の特定口座及び当該特定口座における上場株式等の取扱いに関する帳簿書類（その作成に代えて電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他の人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。）の作成がされている場合における当該電磁的記録を含む。第41条の12第23項、第41条の14第7項及び第42条の3第1項第5号において同じ。）その他の物件を検査することができる。

１１ 　国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、前項の規定による質問又は検査をする場合には、その身分を示す証明書を携帯し、関係人の請求があつたときは、これを提示しなければならない。

１２ 　第10項の規定による質問又は検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。

第37条の11の4 　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に対し国内においてその営業所に開設されている特定口座（前条第3項第1号に規定する特定口座をいう。以下この条において同じ。）に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡の対価又は当該特定口座において処理された上場株式等の信用取引等の決済（当該信用取引等に係る株式等（第37条の10第3項に規定する株式等をいう。）の受渡しが行われることとなるものを除く。以下この条及び次条において「差金決済」という。）に係る差益に相当する金額の支払をする証券業者は、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者から、政令で定めるところにより、その年最初に当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡をする時又は当該特定口座において処理された上場株式等の信用取引等につきその年最初に差金決済を行う時のうちいずれか早い時までに、当該証券業者の当該特定口座を開設する営業所に特定口座源泉徴収選択届出書（この項の規定の適用を受ける旨その他財務省令で定める事項を記載した書類をいう。）の提出があつた場合において、その年中に行われた当該特定口座（以下この条及び次条において「源泉徴収選択口座」という。）に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡又は当該源泉徴収選択口座において処理された上場株式等の信用取引等に係る差金決済により源泉徴収選択口座内調整所得金額が生じたときは、当該譲渡の対価又は当該差金決済に係る差益に相当する金額の支払をする際、当該源泉徴収選択口座内調整所得金額に百分の十五の税率を乗じて計算した金額の所得税を徴収し、その徴収の日の属する年の翌年一月十日（政令で定める場合にあつては、政令で定める日）までに、これを国に納付しなければならない。

２ 　前項の場合において、同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十六年一月一日から平成十九年十二月三十一日までの間に特定口座内保管上場株式等の譲渡又は上場株式等の信用取引等に係る差金決済をしたときは、当該譲渡又は差金決済により生じた源泉徴収選択口座内調整所得金額に対する同項の規定の適用については、同項中「百分の十五」とあるのは、「百分の七」とする。

３ 　前2項に規定する源泉徴収選択口座内調整所得金額とは、証券業者の営業所に開設されている居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の源泉徴収選択口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡又は当該源泉徴収選択口座において処理された上場株式等の信用取引等に係る差金決済（以下この項から第5項までにおいて「対象譲渡等」という。）が行われた場合において、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の当該源泉徴収選択口座に係る第1号に掲げる金額（次項において「源泉徴収口座内通算所得金額」という。）が第2号に掲げる金額（次項において「源泉徴収口座内直前通算所得金額」という。）を超えるときにおける当該超える部分の金額をいう。

４ 　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の源泉徴収選択口座を開設している証券業者は、当該源泉徴収選択口座においてその年中に行われた対象譲渡等により、当該対象譲渡等に係る源泉徴収口座内通算所得金額が源泉徴収口座内直前通算所得金額に満たないこととなつた場合には、その都度、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に対し、当該満たない部分の金額に百分の十五を乗じて計算した金額に相当する所得税を還付しなければならない。

５ 　前項の場合において、同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十六年一月一日から平成十九年十二月三十一日までの間に対象譲渡等を行つたときは、当該対象譲渡等により生じた同項に規定する満たない部分の金額に対する同項の規定の適用については、同項中「百分の十五」とあるのは、「百分の七」とする。

６ 　第1項の規定により徴収して納付すべき所得税は、所得税法第2条第1項第45号に規定する源泉徴収に係る所得税とみなして、同法、国税通則法及び国税徴収法の規定を適用する。

７ 　前項に定めるもののほか、第1項の規定により徴収された所得税の額がある場合における所得税に関する法令の適用に関する特例その他同項から第5項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

８ 　証券業者は、その年において当該証券業者に開設されていた特定口座が源泉徴収選択口座である場合には、その年の当該源泉徴収選択口座に係る前条第7項の報告書（同項の規定により税務署長に提出することとされるものに限る。）については、同項の規定にかかわらず、その作成及び提出は、要しない。

第37条の11の5 　その年分の所得税に係る源泉徴収選択口座を有する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者で、当該源泉徴収選択口座につき次の各号に掲げる金額を有するものは、その年分の所得税については、第37条の10第1項（第37条の11第1項の規定により適用される場合を含む。）に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額若しくは第37条の12の2第2項に規定する上場株式等に係る譲渡損失の金額又は所得税法第121条第1項（同法第166条において準用する場合を含む。）に規定する給与所得及び退職所得以外の所得金額の計算上当該各号に掲げる金額（当該各号に掲げる金額が同一の源泉徴収選択口座に係るものである場合には、当該源泉徴収選択口座については、第1号に掲げる金額及び第2号に掲げる金額）を除外したところにより、同法第120条から第127条まで（これらの規定を同法第166条において準用する場合を含む。）及び第37条の12の2第5項（第37条の13の2第7項において準用する場合を含む。）において準用する同法第123条第1項（同法第166条において準用する場合を含む。）の規定を適用することができる。

２ 　前項に規定する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者のその年分の所得税について国税通則法第25条の規定による決定（当該決定に係る同法第24条又は第26条の規定による更正を含む。）をする場合におけるこれらの規定の適用については、同項各号に掲げる金額は、これらの条に規定する課税標準等には含まれないものとする。

３ 　前項に定めるもののほか、第1項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第37条の12 　国内に恒久的施設を有しない非居住者（所得税法第164条第1項第4号に掲げる非居住者をいう。以下この条において同じ。）が平成元年四月一日以後に第37条の10第3項に規定する株式等の同条第1項に規定する譲渡をした場合には、当該非居住者の同号イに掲げる国内源泉所得のうち、同項に規定する株式等に係る譲渡所得等（以下この条において「株式等の譲渡に係る国内源泉所得」という。）については、同法第165条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該株式等の譲渡に係る国内源泉所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この条において「株式等の譲渡に係る国内源泉所得の金額」という。）に対し、株式等の譲渡に係る国内源泉所得の金額（第4項において準用する第37条の10第7項第5号の規定により適用される同法第72条、第78条、第86条及び第87条の規定の適用がある場合には、その適用後の金額）の百分の二十に相当する金額に相当する所得税を課する。

２ 　前項の場合において、株式等の譲渡に係る国内源泉所得の金額の計算上生じた損失の額があるときは、所得税法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の額は生じなかつたものとみなす。

３ 　前項に規定するもののほか、第1項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

４ 　第37条の10第4項及び第7項（第1号、第2号及び第6号を除く。）の規定は、第1項の規定の適用がある場合において準用する。この場合において、同条第7項第3号中「株式等に係る譲渡所得の金額」とあるのは「租税特別措置法第37条の12第1項（恒久的施設を有しない非居住者の株式等の譲渡に係る国内源泉所得に対する課税の特例）に規定する株式等の譲渡に係る国内源泉所得の金額（以下「株式等の譲渡に係る国内源泉所得の金額」という。）のうち譲渡所得に該当する部分の金額」と、同項第4号中「第37条の10第1項（株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する株式等に係る譲渡所得等」とあるのは「第37条の12第1項（恒久的施設を有しない非居住者の株式等の譲渡に係る国内源泉所得に対する課税の特例）に規定する株式等の譲渡に係る国内源泉所得」と、「株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「株式等の譲渡に係る国内源泉所得の金額」と、同項第5号中「第71条から第87条まで」とあるのは「第71条、第72条、第78条、第86条及び第87条」と、「株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは「株式等の譲渡に係る国内源泉所得の金額」と読み替えるものとする。

第37条の12の2 　確定申告書（第5項（第37条の13の2第7項において準用する場合を含む。）において準用する所得税法第123条第1項（同法第166条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を含む。以下この項及び第3項において同じ。）を提出する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その年の前年以前三年内の各年において生じた上場株式等に係る譲渡損失の金額（この項の規定の適用を受けて前年以前において控除されたものを除く。）を有する場合には、第37条の10第1項後段の規定にかかわらず、当該上場株式等に係る譲渡損失の金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該確定申告書に係る年分の同項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額を限度として、当該年分の当該株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除する。　

２ 　前項に規定する上場株式等に係る譲渡損失の金額とは、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十五年一月一日以後に、上場株式等の譲渡のうち第37条の11第1項各号に掲げる上場株式等の譲渡（第32条第2項の規定に該当するものを除く。）をしたことにより生じた損失の金額として政令で定めるところにより計算した金額のうち、その者の当該譲渡をした日の属する年分の第37条の10第1項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除してもなお控除しきれない部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額をいう。

３ 　第1項の規定は、同項に規定する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が前項に規定する上場株式等に係る譲渡損失の金額が生じた年分の所得税につき当該上場株式等に係る譲渡損失の金額の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して確定申告書を提出している場合であつて、第1項の確定申告書に同項の規定による控除を受ける金額の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

４ 　第1項の規定の適用がある場合における第37条の10（第7項を除く。）及び第17条の11（第5項を除く。）の規定の適用については、第37条の10第1項中「計算した金額（」とあるのは「計算した金額（第37条の12の2第1項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。」と、第37条の11第1項中「計算した金額（」とあるのは「計算した金額（第37条の12の2第1項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。」と、「同条第1項前段」とあるのは「前条第1項前段」とする。

５ 　所得税法第123条第1項（第2号を除く。）（同法第166条において準用する場合を含む。）の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その年の翌年以後において第1項の規定の適用を受けようとする場合であつて、その年の年分の所得税につき同法第120条第1項（同法第166条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を提出すべき場合及び同法第122条第1項又は第123条第1項（これらの規定を同法第166条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を提出することができる場合のいずれにも該当しない場合について準用する。この場合において、同法第123条第1項中「第70条第1項若しくは第2項（純損失の繰越控除）若しくは第71条第1項（雑損失の繰越控除）の規定の適用を受け、又は第142条第2項（純損失の繰戻しによる還付）の規定による還付を受けようとするときは、第三期において」とあるのは「租税特別措置法第37条の12の2第1項（上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除）の規定の適用を受けようとするときは」と、「次項各号に掲げる」とあるのは「その年において生じた同条第2項に規定する上場株式等に係る譲渡損失の金額（以下この項において「上場株式等に係る譲渡損失の金額」という。）、その年の前年以前三年内の各年において生じた上場株式等に係る譲渡損失の金額その他の政令で定める」と、同項第1号中「純損失の金額」とあるのは「上場株式等に係る譲渡損失の金額」と、同項第3号中「純損失の金額及び雑損失の金額（第70条第1項若しくは第2項又は第71条第1項」とあるのは「上場株式等に係る譲渡損失の金額（租税特別措置法第37条の12の2第1項」と、「及び第142条第2項の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつたものを除く。次項第2号において同じ」とあるのは「を除く」と、「これらの金額」とあるのは「当該上場株式等に係る譲渡損失の金額」と、「総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額をこえる」とあるのは「同法第37条の10第1項（株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額を超える」と読み替えるものとする。

６ 　第1項の規定の適用がある場合における国税通則法の規定の適用については、同法第2条第6号ハ（１）中「又は雑損失の金額」とあるのは「若しくは雑損失の金額又は租税特別措置法第37条の12の2第2項（上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除）に規定する上場株式等に係る譲渡損失の金額」と、「同法」とあるのは「これらの法律」とする。

７ 　その年の翌年以後又はその年において第1項の規定の適用を受けようとする場合に提出すべき確定申告書の記載事項の特例その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第37条の13 　平成十五年四月一日以後に、中小企業の創造的事業活動の促進に関する臨時措置法第7条の2に規定する特定中小企業者に該当する株式会社（以下この条から第37条の13の3までにおいて「特定中小会社」という。）の設立の際に発行された株式又はその設立の日後に発行された当該特定中小会社の株式（以下この条から第37条の13の3までにおいて「特定株式」という。）を払込み（これらの株式の発行に際してするものに限る。以下この条から第37条の13の3までにおいて同じ。）により取得（第29条の2第1項本文の規定の適用を受けるものを除く。以下この条から第37条の13の3までにおいて同じ。）をした居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者（当該取得をした日においてその者を判定の基礎となる株主として選定した場合に当該特定中小会社が法人税法第2条第10号に規定する同族会社に該当することとなるときにおける当該株主その他の政令で定める者であつたものを除く。次条及び第37条の13の3において同じ。）が、当該特定株式を払込みにより取得をした場合における第37条の10第1項の規定の適用については、政令で定めるところにより、その年分の同項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上、その年中に当該払込みにより取得をした特定株式（その年十二月三十一日において有するものとして政令で定めるものに限る。以下この条において「控除対象特定株式」という。）の取得に要した金額の合計額（適用前の株式等に係る譲渡所得等の金額（この項の規定を適用しないで計算した場合における第37条の10第1項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額をいう。次項において同じ。）が当該合計額に満たない場合には、当該適用前の株式等に係る譲渡所得等の金額に相当する金額）を控除する。

２ 　前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、控除対象特定株式の取得に要した金額、適用前の株式等に係る譲渡所得等の金額及び同項の控除の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

３ 　第1項の規定の適用を受けた場合における控除対象特定株式と同一銘柄の株式の取得価額の計算の特例その他前2項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第37条の13の2 　特定中小会社の特定株式を払込みにより取得をした居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者について、当該特定中小会社の設立の日から当該特定中小会社（当該特定中小会社であつた株式会社を含む。）が発行した株式に係る第37条の10第2項に規定する上場等の日の前日までの期間（第5項において「適用期間」という。）内に、その有する当該払込みにより取得をした特定株式が株式としての価値を失つたことによる損失が生じた場合として次に掲げる事実が発生したときは、当該事実が発生したことは当該特定株式の譲渡をしたことと、当該損失の金額として政令で定める金額は当該特定株式の譲渡をしたことにより生じた損失の金額とそれぞれみなして、この条及び第37条の10の規定その他の所得税に関する法令の規定を適用する。

２ 　前項の規定は、政令で定めるところにより、同項に規定する事実が発生した日の属する年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、同項に規定する損失の金額として政令で定める金額の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

３ 　税務署長は、前項の確定申告書の提出がなかつた場合又は同項の記載若しくは添付がない確定申告書の提出があつた場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第1項の規定を適用することができる。

４ 　確定申告書（第7項において準用する第37条の12の2第5項において準用する所得税法第123条第1項（同法第166条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を含む。以下この項において同じ。）を提出する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その年の前年以前三年内の各年において生じた特定株式に係る譲渡損失の金額（この項の規定の適用を受けて前年以前において控除されたものを除く。）を有する場合には、第37条の10第1項後段の規定にかかわらず、当該特定株式に係る譲渡損失の金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該確定申告書に係る年分の同項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額を限度として、当該年分の当該株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除する。

５ 　前項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額とは、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、適用期間内に、その払込みにより取得をした特定株式の譲渡（当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の親族その他の特別の関係がある者に対してする譲渡その他の政令で定めるものを除く。）をしたことにより生じた損失の金額として政令で定めるところにより計算した金額のうち、その者の当該譲渡をした日の属する年分の第37条の10第1項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除してもなお控除しきれない部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額をいう。

６ 　第37条の12の2第3項、第4項及び第6項の規定は、第4項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、同条第3項中「第1項の規定」とあるのは「第37条の13の2第4項の規定」と、「前項」とあるのは「同条第5項」と、「上場株式等に係る譲渡損失の金額」とあるのは「特定株式に係る譲渡損失の金額」と、「添付がある確定申告書」とあるのは「添付がある確定申告書（同条第4項に規定する確定申告書をいう。以下この項において同じ。）」と、「第1項の確定申告書」とあるのは「同条第4項の確定申告書」と、同条第4項中「第1項の規定の適用がある場合における」とあるのは「第37条の13の2第4項の規定の適用がある場合における」と、「第37条の12の2第1項」とあるのは「第37条の13の2第4項」と、同条第6項中「第1項」とあるのは「第37条の13の2第4項」と、「上場株式等に係る譲渡損失の金額」とあるのは「上場株式等に係る譲渡損失の金額若しくは同法第37条の13の2第5項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額」と読み替えるものとする。

７ 　第37条の12の2第5項の規定は、その年の翌年以後において第4項の規定の適用を受けようとする居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者について準用する。この場合において、同条第5項中「第1項の」とあるのは「第37条の13の2第4項の」と、「譲渡損失の繰越控除）の」とあるのは「譲渡損失の繰越控除）又は第37条の13の2第4項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）の」と、「同条第2項」とあるのは「同法第37条の12の2第2項」と、「その他の」とあるのは「、同法第37条の13の2第5項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額（以下この項において「特定株式に係る譲渡損失の金額」という。）、その年の前年以前三年内の各年において生じた特定株式に係る譲渡損失の金額その他の」と、「とあるのは「上場株式等に係る譲渡損失の金額」」とあるのは「とあるのは「上場株式等に係る譲渡損失の金額又は特定株式に係る譲渡損失の金額」」と、「（租税特別措置法第37条の12の2第1項」とあるのは「及び特定株式に係る譲渡損失の金額（租税特別措置法第37条の12の2第1項又は第37条の13の2第4項」と、「「を除く」と、「これらの金額」とあるのは「当該上場株式等に係る譲渡損失の金額」」とあるのは「「を除く」」と読み替えるものとする。

８ 　払込みにより取得をした特定株式及び当該特定株式と同一銘柄の他の株式を有する者につき第1項に規定する事実が発生した場合における同項の規定の特例、当該特定株式及び当該特定株式と同一銘柄の他の株式を有する者につきこれらの株式の譲渡をしたことによる損失の金額が生じた場合における第5項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額の計算の特例その他第1項及び第4項から前項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第37条の13の3 　特定中小会社の特定株式を平成十二年四月一日から平成十七年三月三十一日までの間に払込みにより取得をした居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、当該特定株式に係る特定中小会社（当該特定中小会社であつた株式会社を含む。）が発行した株式に係る第37条の10第2項に規定する上場等の日（以下この項において「上場等の日」という。）以後に当該払込みにより取得をした特定株式（その上場等の日において当該特定株式をその取得をした日の翌日から引き続き所有していた期間として政令で定める期間が三年を超えるものに限る。）の譲渡（その上場等の日以後三年以内に行われる譲渡（証券取引法第2条第17項に規定する有価証券先物取引の方法により行うものを除く。）で第37条の10第2項に規定する証券業者への売委託に基づくもの又は当該証券業者に対するものに限る。以下この項において同じ。）をした場合における同条第1項の規定の適用については、当該譲渡による同項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額は、当該特定株式の譲渡による当該株式等に係る譲渡所得等の金額として政令で定めるところにより計算した金額（第3項及び第5項において「特定株式に係る譲渡所得等の金額」という。）の二分の一に相当する金額とする。

２ 　前項の規定の適用がある場合における第37条の10第2項の規定の適用については、同項中「当該株式等に係る譲渡所得等の金額」とあるのは、「当該株式等に係る譲渡所得等の金額（第37条の13の3第1項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額）」とする。

３ 　第1項の規定は、政令で定めるところにより、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、その適用を受ける特定株式に係る譲渡所得等の金額の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

４ 　税務署長は、前項の確定申告書の提出がなかつた場合又は同項の記載若しくは添付がない確定申告書の提出があつた場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第1項の規定を適用することができる。

５ 　払込みにより取得をした特定株式及び当該特定株式と同一銘柄の他の株式を有する者がこれらの株式を譲渡した場合における特定株式に係る譲渡所得等の金額の計算の特例その他第1項及び第2項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第37条の14 　特定子会社（商法第352条第1項の株式交換又は同法第364条第1項の株式移転（以下この項において「株式交換等」という。）により同法第352条第1項の完全子会社となる法人をいう。以下この条において同じ。）の株主である個人が、その有する特定子会社の株式（以下この項において「特定子会社株式」という。）につき株式交換等による移転があつた場合において、当該株式交換等により特定親会社（株式交換等により同法第352条第1項の完全親会社となる法人をいう。以下この項において同じ。）から新株の割当て（当該株式交換等による金銭又は金銭及び当該新株以外の資産（以下この項において「交付金銭等」という。）の交付を含むものとし、次に掲げる要件を満たすものに限る。）を受けたときは、当該株式交換等により移転した当該特定子会社株式（当該新株の割当てにより交付金銭等の交付を受けた場合には、当該特定子会社株式のうち交付金銭等の額に対応する部分以外のものとして政令で定める部分）の譲渡がなかつたものとして、第37条の10から前条まで又は所得税法第27条、第33条若しくは第35条の規定を適用する。

２ 　前項の規定の適用がある場合における特定子会社の株主であつた個人が同項の移転により取得した新株の取得価額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第37条の14の2 　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十七年一月一日から平成十九年十二月三十一日までの間に、上場株式等（第37条の10第3項に規定する株式等のうち証券取引法第2条第14項に規定する証券取引所に上場されているものその他これに類するものとして政令で定めるものをいうものとし、その譲渡が、第37条の11の4第1項に規定する源泉徴収源泉徴収選択口座（以下この項において「源泉徴収選択口座」という。）に係る同条第1項に規定する特定口座内保管上場株式等の譲渡に該当するもの及び源泉徴収選択口座において同項に規定する差金決済の処理が行われた同項に規定する信用取引等に係る上場株式等の譲渡に該当するものを除く。以下この項において同じ。）でその者が租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第134号）附則第1条ただし書に規定する日から平成十四年十二月三十一日までの間に取得（購入又は払込みによるものに限るものとし、政令で定めるものを除く。以下この項において同じ。）をしたものとして政令で定めるもの（その取得の時において上場株式等に該当していたものに限る。以下この条において「特定上場株式等」という。）の譲渡（これに類するものとして政令で定めるものを含むものとし、証券取引法第2条第17項に規定する有価証券先物取引の方法により行うものを除く。以下この項及び第3項において同じ。）のうち次に掲げる特定上場株式等の譲渡をした場合には、その年においてこれらの譲渡をした特定上場株式等のうち、次項に定めるところにより提出した同項に規定する特定上場株式等非課税適用選択申告書にこの項の規定の適用を受けるものとして記載されたものでその取得対価の額（購入した特定上場株式等についてはその購入の代価の額をいい、払込みにより取得をした特定上場株式等についてはその払い込んだ金額をいう。以下この項及び次項において同じ。）の合計額が千万円（その年の前年又は前々年においてこれらの譲渡をした特定上場株式等につき次項に規定する特定上場株式等非課税適用選択申告書が提出されている場合には、政令で定めるところにより、千万円からこの項の規定の適用を受けるものとして当該特定上場株式等非課税適用選択申告書に記載された特定上場株式等に係る取得対価の額の合計額を控除した残額。次項において「非課税適用購入限度額」という。）に達するまでのものの当該譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（第32条第2項の規定に該当する譲渡所得を除く。）については、所得税を課さない。

２ 　前項の規定は、その年において同項の譲渡をした特定上場株式等のうち同項の規定の適用を受けようとする特定上場株式等の取得対価の額を証する書類として財務省令で定める書類の添付がある次に掲げる事項を記載した申告書（以下この項において「特定上場株式等非課税適用選択申告書」という。）を、その者の住所地（国内に住所を有しない者にあつては、政令で定める場所）の所轄税務署長（その年分の所得税につき確定申告書を提出すべき場合又は提出する場合には、当該確定申告書に係る所得税の納税地の所轄税務署長）に、その年の翌年一月一日から同年三月十五日までの間（当該確定申告書（確定申告期限のあるものに限る。）を提出すべき場合又は提出する場合には、当該確定申告書の提出をすることができることとされる日から当該確定申告書に係る確定申告期限までの間）に提出した場合（当該所轄税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該特定上場株式等非課税適用選択申告書をその提出期限後に提出した場合を含む。）に限り、適用する。

３ 　前項の特定上場株式等非課税適用選択申告書は、政令で定める場合を除き、同一年においてした特定上場株式等の譲渡による所得について、重ねて提出することができない。

４ 　前項に定めるもののほか、第1項及び第2項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第37条の15 　次に掲げる所得については、所得税を課さない。

２ 　次に掲げる金額は、所得税法の規定の適用については、ないものとみなす。

第37条の16 　次に掲げる所得については、前条第1項の規定は、適用しない。

２ 　前項各号に規定する公社債の譲渡については、前条第2項の規定は、適用しない。

第38条 　所得税法第225条第1項第10号に掲げる者は、財務省令で定めるところにより、同号に規定する支払に関する調書を同一の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に対する一回の支払ごとに作成する場合には、同項の規定にかかわらず、当該調書をその支払の確定した日の属する月の翌月末日までに税務署長に提出しなければならない。