第25節　連結法人のその他の特例（第68条の94―第68条の111）/租税特別措置法

第68条の94 　連結親法人で第66条の10第1項各号に掲げるものが、平成十七年三月三十一日までに当該各号に定める資産で同項に規定する政令で定めるもの（以下この条において「試験研究用資産」という。）を取得し、又は製作するための費用を賦課し、当該賦課に基づいて納付された金額の全部又は一部に相当する金額をもつてその納付された連結事業年度において試験研究用資産を取得し、又は製作した場合において、当該試験研究用資産につき、その取得価額から一円（当該試験研究用資産の取得価額がその納付された金額（既に試験研究用資産の取得に充てられた金額があるときは、その金額を控除した金額）を超える場合には、その超える金額）を控除した金額の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額したときは、その減額した金額に相当する金額は、その取得の日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

２ 　前項の規定は、連結確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該連結確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。

３ 　第1項の規定の適用を受けた試験研究用資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該試験研究用資産の取得価額に算入しない。

４ 　前2項に定めるもののほか、第1項の規定により損金の額に算入される金額がある場合における法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額の計算その他第1項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の95 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、各連結事業年度において、長期間にわたつて使用され、又は運用される基金又は信託財産に係る負担金又は掛金で第66条の11第1項各号に掲げるものを支出した場合には、その支出した金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

２ 　前項の規定は、連結確定申告書等に同項に規定する金額の損金算入に関する明細書の添付がない場合には、適用しない。ただし、当該添付がない連結確定申告書等の提出があつた場合においても、その添付がなかつたことにつき税務署長がやむを得ない事情があると認める場合において、当該明細書の提出があつたときは、この限りでない。

３ 　第1項の規定により損金の額に算入される金額がある場合における法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額の計算その他第1項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の96 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が各連結事業年度において支出した寄附金の額のうちに第66条の11の2第2項に規定する認定特定非営利活動法人に対する当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動促進法第2条第1項に規定する特定非営利活動に係る事業に関連する寄附金の額がある場合における法人税法第81条の6の規定の適用については、同条第4項第3号中「寄附金」とあるのは、「寄附金及び認定特定非営利活動法人（租税特別措置法第68条の96第1項（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入の特例）に規定する認定特定非営利活動法人をいう。）に対する当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動促進法（平成十年法律第7号）第2条第1項（定義）に規定する特定非営利活動に係る事業に関連する寄附金（前号に規定する寄附金に該当するものを除く。）」とする。

２ 　前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の97 　日本電信電話株式会社法の一部を改正する法律（平成九年法律第98号）附則第2条第3項に規定する長距離会社又は同法附則第11条に規定する東会社若しくは西会社が同法附則第2条第1項に規定する会社（法人税法第4条の2に規定する内国法人に該当するものに限る。）との間に当該会社による法人税法第4条の2に規定する完全支配関係がある同条に規定する他の内国法人として同条の承認を受けた場合において、当該長距離会社、東会社又は西会社に同条の承認を受けて最初に開始する連結事業年度開始の日前五年以内に開始した各事業年度において生じた同法第57条第1項に規定する欠損金額があるときは、当該長距離会社、東会社又は西会社の当該欠損金額は同法第81条の9第2項各号に定める欠損金額とみなして同条の規定を適用する。

２ 　前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の98 　法人税法第81条の31第1項の規定は、連結親法人の平成十四年四月一日から平成十六年三月三十一日までの間に終了する各連結事業年度において生じた連結欠損金額については、適用しない。ただし、同条第3項の規定に該当する場合の同項に規定する連結事業年度において生じた連結欠損金額については、この限りでない。

２ 　前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の99 　連結親法人である医療法人が、各連結事業年度において第26条第1項に規定する社会保険診療につき支払を受けるべき金額を有する場合において当該連結事業年度の当該支払を受けるべき金額が五千万円以下であるときは、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、当該社会保険診療に係る経費として損金の額に算入する金額は、当該支払を受けるべき金額を次の表の上欄に掲げる金額に区分してそれぞれの金額に同表の下欄に掲げる率を乗じて計算した金額の合計額とする。

二千五百万円以下の金額	百分の七十二
二千五百万円を超え三千万円以下の金額	百分の七十
三千万円を超え四千万円以下の金額	百分の六十二
四千万円を超え五千万円以下の金額	百分の五十七

２ 　前項に規定する連結親法人が法人税法第81条の20第1項第1号に掲げる金額を計算する場合における前項の規定の適用については、同項中「五千万円」とあるのは「二千五百万円」と、「二千五百万円」とあるのは「千二百五十万円」と、「三千万円」とあるのは「千五百万円」と、「四千万円」とあるのは「二千万円」とする。

３ 　第1項の規定は、連結確定申告書等に同項に規定する経費の損金算入に関する申告の記載がない場合には、適用しない。

４ 　税務署長は、前項の記載がない連結確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類の提出があつた場合に限り、第1項の規定を適用することができる。

第68条の100 　財団たる医療法人又は社団たる医療法人で持分の定めがないものである連結親法人のうち第67条の2第1項に規定する国税庁長官の承認を受けたものの当該承認を受けた後に終了した各連結事業年度の連結所得については、法人税法第81条の12第1項又は第2項の規定（経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（第68条の108第1項において「法人税等負担軽減措置法」という。）第16条第2項の規定を含む。）にかかわらず、百分の二十三の税率により、法人税を課する。この場合において、第67条の2第2項及び第5項の規定の適用については、同条第2項及び第5項中「各事業年度」とあるのは、「各連結事業年度」とする。

２ 　前項の規定の適用がある場合において、法人税法第81条の15第1項の規定の適用については、同項中「第81条の12第1項から第3項まで（各連結事業年度の連結所得に対する法人税の税率）」とあるのは「租税特別措置法第68条の100第1項（特定の医療法人である連結親法人の法人税率の特例）」と、同法第81条の20第1項又は第81条の22第1項の規定の適用については、同法第81条の20第1項第2号又は第81条の22第1項第2号中「前節（税額の計算）」とあるのは「租税特別措置法第68条の100第1項（特定の医療法人である連結親法人の法人税率の特例）及び前節第二款（税額控除）」とする。

第68条の101 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人である農地法第2条第7項に規定する農業生産法人が、平成十四年四月一日から平成十八年三月三十一日までの期間内の日を含む各連結事業年度において、当該期間内に次の各号に掲げる売却の方法により当該各号に定める肉用牛を売却した場合において、その売却した肉用牛のうちに免税対象飼育牛（家畜改良増殖法第32条の2第1項の規定による農林水産大臣の承認を受けた同項に規定する登録規程に基づく政令で定める登録がされている肉用牛（第67条の3第1項に規定する肉用牛をいう。以下この項において同じ。）又はその売却価額が百万円未満である肉用牛に該当するものをいう。以下この条において同じ。）があるときは、当該農業生産法人の当該免税対象飼育牛の当該売却による利益の額に相当する金額は、当該売却をした日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

２ 　前項の規定は、連結確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該連結確定申告書等にその損金の額に算入する金額の計算に関する明細書並びに当該免税対象飼育牛の売却が同項各号に掲げる売却の方法により行われたこと及びその売却価額その他財務省令で定める事項を証する書類の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により損金の額に算入される額は、当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする。

３ 　税務署長は、前項の記載又は添付がない連結確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び証する書類の提出があつた場合に限り、第1項の規定を適用することができる。

４ 　前2項に定めるもののほか、免税対象飼育牛の売却による利益の額の計算方法その他第1項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

５ 　第1項の規定の適用を受けた連結親法人又はその連結子法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第2条第18号の2の規定の適用については同号イに規定する個別所得金額に、同法第81条の13第2項及び第3項の規定の適用についてはこれらの規定に規定する連結所得等の金額に、それぞれ含まれるものとする。

第68条の102 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人である廃止業者等（第67条の4第1項に規定する廃止業者等をいう。以下この条において同じ。）が、その営む事業の廃止又は転換をすることとなることにより国若しくは地方公共団体の補助金（これに準ずるものを含む。）又は残存事業者等（当該事業と同種の事業を営む者で当該法令の制定等があつた後においても引き続きその事業を営むもの及びその者が構成する団体をいう。）の拠出した補償金で、政令で定めるもの（以下この条において「転廃業助成金等」という。）の交付を受けた場合（当該転廃業助成金等の交付の目的に応じ当該廃止業者等の属する団体その他の者を通じて交付を受けた場合を含む。以下この条において同じ。）において、その交付を受けた日を含む連結事業年度において当該転廃業助成金等の金額のうち、当該連結親法人又はその連結子法人である廃止業者等の有する当該事業に係る機械その他の減価償却資産の減価をうめるための費用として政令で定めるものに対応する部分（以下この項において「減価補てん金」という。）の金額に相当する金額の範囲内で当該減価補てん金に係る機械その他の減価償却資産の帳簿価額を損金経理により減額したときは、その減額した金額に相当する金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

２ 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人である廃止業者等が転廃業助成金等の交付を受けた場合において、当該転廃業助成金等の金額のうちその営む事業の廃止又は転換を助成するための費用として政令で定めるものに対応する部分（以下この条において「転廃業助成金」という。）の金額の全部又は一部に相当する金額をもつて当該交付を受けた日を含む連結事業年度において固定資産の取得（建設及び製作を含む。以下この条において同じ。）又は改良をし、当該固定資産につき、当該連結事業年度終了の時において、その取得又は改良に充てた転廃業助成金の金額に相当する金額（以下この項において「圧縮限度額」という。）の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を損金経理により引当金勘定に繰り入れる方法（当該連結親法人又はその連結子法人である廃止業者等の確定した決算において利益又は剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により経理したときは、その減額し、又は経理した金額に相当する金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

３ 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人である廃止業者等が、転廃業助成金等の交付を受け、その交付を受けた日を含む連結事業年度において適格分社型分割、適格現物出資又は適格事後設立（その日以後に行われるものに限る。以下この条において「適格分社型分割等」という。）を行う場合において、当該連結事業年度開始の時から当該適格分社型分割等の直前の時までの期間内に当該転廃業助成金等の額のうち転廃業助成金の金額（その期間内に交付を受けたものに限る。）をもつて固定資産の取得又は改良をし、その固定資産を当該適格分社型分割等により分割承継法人等（分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人をいう。以下この条において同じ。）に移転するときは、当該固定資産につき、その取得又は改良に充てた転廃業助成金に相当する金額の範囲内でその帳簿価額を減額したときに限り、当該減額をした金額に相当する金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

４ 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人である廃止業者等が、転廃業助成金等の交付を受けた場合において、その交付を受けた日を含む連結事業年度終了の日の翌日から当該交付を受けた日以後二年を経過する日までの期間（工場等の建設に要する期間が通常二年を超えることその他の政令で定めるやむを得ない事情がある場合には、政令で定める期間。以下この項及び第7項において「指定期間」という。）内に当該転廃業助成金等の額のうち転廃業助成金の金額（当該交付を受けた日を含む連結事業年度において当該金額の一部に相当する金額をもつて固定資産の取得又は改良をした場合には、当該取得又は改良に充てられた金額を控除した金額。以下この条において同じ。）の全部又は一部に相当する金額をもつて固定資産の取得又は改良をする見込みであるとき（当該連結親法人又はその連結子法人が被合併法人となる適格合併を行う場合において当該適格合併に係る合併法人が指定期間内に当該転廃業助成金の金額の全部又は一部をもつて固定資産の取得又は改良をする見込みであるときその他の政令で定めるときを含む。）は、当該連結親法人又はその連結子法人である廃止業者等の当該交付を受けた日を含む連結事業年度の確定した決算において当該転廃業助成金の金額のうち固定資産の取得又は改良に充てようとするものの額を特別勘定として経理したときに限り、その経理した金額に相当する金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

５ 　前項の規定は、同項に規定する連結親法人又はその連結子法人の次の各号に掲げる連結事業年度における当該各号に定める連結法人については、適用しない。

６ 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人である廃止業者等が、転廃業助成金等の交付を受け、かつ、その交付を受けた日を含む連結事業年度において適格分社型分割等を行う場合において、当該適格分社型分割等に係る分割承継法人等において当該適格分社型分割等の日から当該交付を受けた日以後二年を経過する日までの期間（工場等の建設に要する期間が通常二年を超えることその他の政令で定めるやむを得ない事情がある場合には、政令で定める期間）内に当該転廃業助成金等の額のうち転廃業助成金の金額の全部又は一部に相当する金額をもつて固定資産の取得又は改良をする見込みであるときは、当該転廃業助成金の金額のうち当該分割承継法人等において固定資産の取得又は改良に充てようとするものの額の範囲内で前項の特別勘定に相当するもの（以下この条において「期中特別勘定」という。）を設けたときに限り、当該設けた期中特別勘定の金額に相当する金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

７ 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が適格合併（連結子法人が被合併法人となる適格合併にあつては、その適格合併の日が法人税法第15条の2第1項本文に規定する連結親法人事業年度開始の日（以下この項及び第12項において「連結親法人事業年度開始の日」という。）である場合の当該適格合併に限る。）、適格分割（適格分割型分割にあつては、その適格分割型分割の日が連結親法人事業年度開始の日である場合の当該適格分割型分割に限る。）、適格現物出資又は適格事後設立（以下この条において「適格合併等」という。）を行つた場合には、次の各号に掲げる適格合併等の区分に応じ、当該各号に定める特別勘定の金額又は期中特別勘定の金額は、当該適格合併等に係る合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人（以下この条において「合併法人等」という。）に引き継ぐものとする。

８ 　前項の規定は、第4項の特別勘定（連結事業年度に該当しない事業年度において設けた第67条の4第4項の特別勘定を含む。以下この項において同じ。）及び期中特別勘定の双方を設けている連結親法人又はその連結子法人が適格分社型分割等により分割承継法人等に当該期中特別勘定の金額のみを引き継ぐ場合を除き、前項の連結親法人が適格分割、適格現物出資又は適格事後設立の日以後二月以内に当該適格分割、適格現物出資又は適格事後設立により分割承継法人等に引き継ぐ特別勘定の金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。

９ 　第7項の規定により合併法人等が引継ぎを受けた特別勘定の金額又は期中特別勘定の金額は、当該合併法人等が第4項の規定により設けている特別勘定の金額（当該合併法人等の適格合併等の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない事業年度である場合には、第67条の4第4項の規定により設けている特別勘定の金額）とみなす。

１０ 　第2項の規定は、第4項の特別勘定（連結事業年度に該当しない事業年度において設けた第67条の4第4項の特別勘定を含む。）を設けている連結親法人又はその連結子法人が、第4項に規定する指定期間（当該特別勘定の金額が第7項の規定により引継ぎを受けた期中特別勘定の金額である場合その他の政令で定める場合には、第6項に規定する期間その他の政令で定める期間。以下この条において「指定期間」という。）内に転廃業助成金等の額のうち転廃業助成金の金額で固定資産の取得又は改良に充てようとするものの全部又は一部に相当する金額をもつて固定資産の取得又は改良をした場合について準用する。この場合において、第2項中「当該連結事業年度終了の時において」とあるのは、「当該固定資産の取得又は改良をした日を含む連結事業年度終了の時において」と読み替えるものとする。

１１ 　第3項の規定は、第4項の特別勘定（連結事業年度に該当しない事業年度において設けた第67条の4第4項の特別勘定を含む。）を設けている連結親法人又はその連結子法人が適格分社型分割等を行う場合において、当該連結親法人又はその連結子法人が当該適格分社型分割等の日を含む連結事業年度の指定期間内に転廃業助成金等の額のうち転廃業助成金の金額で固定資産の取得又は改良に充てようとするものの全部又は一部に相当する金額をもつて固定資産の取得又は改良をし、当該適格分社型分割等によりその固定資産を分割承継法人等に移転するときについて準用する。この場合において、第3項中「当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上」とあるのは、「当該固定資産の取得又は改良をした日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上」と読み替えるものとする。

１２ 　第4項の特別勘定（連結事業年度に該当しない事業年度において設けた第67条の4第4項の特別勘定を含む。）を設けている連結親法人又はその連結子法人が次の各号に掲げる場合（第7項の規定により合併法人等に当該特別勘定を引き継ぐこととなつた場合を除く。）に該当することとなつた場合には、当該各号に定める金額は、その該当することとなつた日を含む連結事業年度（第5号に掲げる場合にあつては、その合併の日の前日を含む連結事業年度）の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

１３ 　第2項（第10項において準用する場合を含む。次項及び第15項において同じ。）又は第3項（第11項において準用する場合を含む。次項及び第15項において同じ。）の規定の適用を受けた固定資産については、第68条の42第1項各号に掲げる規定（第68条の30及び第68条の31第1項並びにこれらの規定に係る第68条の41の規定を除く。）は、適用しない。

１４ 　第2項又は第3項の規定の適用を受けた固定資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、これらの規定により各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該固定資産の取得価額に算入しない。

１５ 　適格合併等により第2項又は第3項の規定の適用を受けた固定資産（連結事業年度に該当しない事業年度において第67条の4第2項（同条第9項において準用する場合を含む。）又は同条第3項（同条第10項において準用する場合を含む。）の規定の適用を受けた固定資産を含む。）の移転を受けた当該適格合併等に係る合併法人等が当該固定資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、当該適格合併等に係る被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人において当該固定資産の取得価額に算入されなかつた金額は、当該固定資産の取得価額に算入しない。

１６ 　第1項、第2項、第4項又は第10項の規定は、連結確定申告書等にこれらの規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該連結確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

１７ 　税務署長は、前項の記載又は添付がない連結確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第1項、第2項、第4項又は第10項の規定を適用することができる。

１８ 　第3項の規定は、同項の連結親法人が適格分社型分割等の日以後二月以内に同項に規定する減額した金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。同項の規定を第11項の規定により読み替えて適用する場合についても、同様とする。

１９ 　第6項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする連結親法人又はその連結子法人が適格分社型分割等の日以後二月以内に期中特別勘定の金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。

２０ 　第1項から第4項まで、第6項及び第10項から第12項までの規定により損金の額又は益金の額に算入される金額がある場合における法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額の計算その他第1項から第12項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の103 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が支払を受ける第3条の2に規定する特定株式投資信託の収益の分配に係る法人税法第81条の4の規定の適用については、同条第1項中「第23条第1項（受取配当等の益金不算入）」とあるのは、「租税特別措置法第67条の6第1項（特定株式投資信託の収益の分配に係る受取配当等の益金不算入等の特例）の規定により読み替えて適用する第23条第1項（受取配当等の益金不算入）」とする。

第68条の103の2 　第68条の9第7項に規定する中小連結法人又は連結親法人である同項に規定する農業協同組合等（以下この項において「中小連結法人等」という。）が、平成十五年四月一日から平成十八年三月三十一日までの間に取得し、又は製作し、若しくは建設し、かつ、当該中小連結法人等の事業の用に供した減価償却資産で、その取得価額が三十万円未満であるもの（第68条の42第1項各号に掲げる規定その他政令で定める規定の適用を受けるものを除く。以下この条において「少額減価償却資産」という。）を有する場合において、当該少額減価償却資産の取得価額に相当する金額につき当該中小連結法人等の事業の用に供した日を含む連結事業年度において損金経理をしたときは、その損金経理をした金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

２ 　前項の規定は、連結確定申告書等に少額減価償却資産の取得価額に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。

３ 　第1項の規定の適用を受けた少額減価償却資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該少額減価償却資産の取得価額に算入しない。

４ 　前2項に定めるもののほか、第1項の規定の適用がある場合における同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の104 　特定子会社（第67条の9第1項に規定する特定子会社をいう。次項において同じ。）の株主である連結法人が、その有する特定子会社株式（同条第1項に規定する特定子会社株式をいう。以下この項において同じ。）につき株式交換等（同条第1項に規定する株式交換等をいう。以下この項において同じ。）による移転があつた場合において、当該株式交換等により特定親会社（同条第1項に規定する特定親会社をいう。）から新株の割当て（当該株式交換等による交付金銭等（同項に規定する交付金銭等をいう。）の交付を含むものとし、同項各号に掲げる要件を満たすものに限る。）を受けたときは、当該株式交換等に係る交換時（同項に規定する交換時をいう。以下この項において同じ。）の直前の旧株の簿価（同条第1項に規定する直前の旧株の簿価をいう。）を、その交換時における当該特定子会社株式の価額とみなして、当該連結法人の各連結事業年度の連結所得の金額を計算するものとする。

２ 　前項の規定の適用がある場合における特定子会社の株主であつた法人が同項の移転により取得した新株の取得価額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の105 　第67条の10第1項に規定する株式移転が行われた場合において、連結法人である特定子会社（同項に規定する特定子会社をいう。第4項において同じ。）が特定親会社（同条第1項に規定する特定親会社をいう。）に対して子会社株式等（同条第2項に規定する子会社株式等をいう。以下この項において同じ。）の譲渡（法人税法第81条の10第1項の規定の適用があるものを除き、第67条の10第1項各号に掲げる要件を満たすものに限る。）をしたときは、その譲渡による利益の額に相当する金額（次項において「子会社株式等の譲渡利益相当額」という。）は、当該連結法人のその譲渡をした日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

２ 　前項の規定は、連結確定申告書等に子会社株式等の譲渡利益相当額の損金算入に関する申告の記載がない場合には、適用しない。

３ 　税務署長は、前項の記載がない連結確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類の提出があつた場合に限り、第1項の規定を適用することができる。

４ 　第1項の規定の適用を受けた特定子会社の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第2条第18号の2の規定の適用については同号イに規定する個別所得金額に、同法第81条の13第2項及び第3項の規定の適用についてはこれらの規定に規定する連結所得等の金額に、それぞれ含まれるものとする。

５ 　第1項の規定の適用がある場合における同項の特定親会社が同項の譲渡により取得した同項の子会社株式等の取得価額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の106 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が第67条の14第1項に規定する特定目的会社（次項において「特定目的会社」という。）から支払を受ける利益の配当の額は、法人税法第81条の4第1項に規定する配当等の額に該当しないものとみなす。

２ 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の特定目的会社に対する現物出資による資産又は負債の移転については、法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第62条の4第1項の規定は、適用しない。

３ 　第1項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が第67条の14第9項に規定する旧特定目的会社から支払を受ける同項に規定する利益の配当の額について準用する。この場合において、第1項の規定の技術的読替えは政令で定める。

第68条の107 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が第67条の15第2項に規定する投資法人から支払を受ける配当等の額は、法人税法第81条の4第1項に規定する配当等の額に該当しないものとみなす。

第68条の108 　法人税法第2条第7号に規定する協同組合等（特定の地区又は地域に係るものに限る。）である連結親法人の連結事業年度が、次の各号に掲げる要件のすべてに該当する場合における当該協同組合等である連結親法人の各連結事業年度の連結所得に係る同法その他法人税に関する法令の規定の適用については、法人税等負担軽減措置法第16条第2項の表の第2号中「百分の二十三」とあるのは「百分の二十三（各連結事業年度の連結所得の金額のうち十億円（同法第15条の2第1項に規定する連結親法人事業年度が一年に満たない協同組合等については、十億円に当該連結親法人事業年度の月数を乗じてこれを十二で除して計算した金額とする。）を超える部分の金額については、百分の二十六）」と、法人税法第81条の12第5項中「前項」とあるのは「租税特別措置法第68条の108第1項（特定の協同組合等である連結親法人の法人税率の特例）の規定により読み替えられた経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第8号）第16条第2項の表の第2号（法人税率の特例）の規定により読み替えられた第3項」と、同法第81条の18第2項中「第81条の12第2項（各連結事業年度の連結所得に対する法人税の税率）」とあるのは「租税特別措置法第68条の108第1項（特定の協同組合等である連結親法人の法人税率の特例）」と、「同条」とあるのは「同項の規定により読み替えられた経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律第16条第2項の表の第2号（法人税率の特例）の規定により読み替えられた第81条の12（各連結事業年度の連結所得に対する法人税率）」とする。

２ 　前項第3号の月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。

３ 　第1項に規定する収入金額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の109 　法人税法第81条の13第1項の規定は、連結法人（その連結親法人が次の各号に掲げるもので同族会社（同項に規定する同族会社をいう。以下この条において同じ。）に該当するものに限る。）の当該各号に定める連結事業年度については、適用しない。

２ 　連結法人の各連結事業年度（連結親法人事業年度が平成十四年四月一日から平成十六年三月三十一日までの間に開始するものに限る。）終了の日においてその連結親法人が中小企業の創造的事業活動の促進に関する臨時措置法第2条第1項に規定する中小企業者に該当する場合において、当該連結親法人及び当該連結親法人による連結完全支配関係にある各連結子法人の当該連結事業年度開始の日前一年以内に開始した各連結事業年度の試験研究費の額と開発費の額との合計額を合計した金額の収入金額を合計した金額に対する割合として政令で定める割合が百分の三を超えるときは、当該連結事業年度（法人税法第4条の3第10項に規定する完全支配関係を有することとなつた日又は同条第11項前段に規定する完全支配関係を有することとなつた場合における同項各号に定める日を含む連結事業年度、同法第4条の5第2項に規定する承認を取り消されたものとみなされた日（同項第4号又は第5号に定める日に限る。）を含む連結事業年度その他の政令で定める連結事業年度を除く。）については、法人税法第81条の13第1項の規定は、適用しない。

３ 　連結法人の各連結事業年度（連結親法人事業年度が平成十五年四月一日から平成十八年三月三十一日までの間に開始するものに限る。）終了の日においてその連結親法人の資本又は出資の金額が一億円以下である場合において、当該連結親法人の前年度総資産額（その連結事業年度開始の日の前日を含む連結事業年度（その前日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該前日を含む事業年度。以下この項において「前連結事業年度等」という。）終了の時における総資産の額として政令で定める金額をいう。以下この項において同じ。）及び当該連結親法人による連結完全支配関係にある各連結子法人の前年度総資産額の合計額に対する当該連結親法人の前年度自己資本額（その前連結事業年度等の終了の時における自己資本の額として政令で定める金額をいう。以下この項において同じ。）及び当該各連結子法人の前年度自己資本額の合計額の割合が百分の五十以下であるときは、当該連結事業年度については、法人税法第81条の13第1項の規定は、適用しない。

４ 　第1項から前項までの規定は、連結確定申告書（法人税法第2条第31号の3に規定する連結確定申告書をいう。次項において同じ。）に財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

５ 　税務署長は、前項の添付がない連結確定申告書の提出があつた場合においても、その添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、同項の財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第1項から第3項までの規定を適用することができる。

６ 　前2項に定めるもののほか、第1項から第3項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第68条の110 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が受ける第68条の3の3第1項に規定する特定目的信託の利益の分配の額は、法人税法第81条の4第1項に規定する配当等の額に該当しないものとみなす。

第68条の111 　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が受ける第68条の3の4第10項に規定する特定投資信託の収益の分配の額は、法人税法第81条の4第1項に規定する配当等の額に該当しないものとみなす。